Следствие выдвигает в качестве основной версии убийство по мотивам религиозной нетерпимости.

Священник Даниил Сысоев был известен активной миссионерской деятельностью среди неправославных жителей Москвы, в том числе мусульман, язычников и представителей различных сект. Отец Даниил – настоятель храма пророка Даниила на Кантемировской, известный богослов и миссионер, кандидат богословия, заведующий миссионерским отделом «Душепопечительского православного центра во имя св. прав. Иоанна Кронштадтского», ответственный секретарь миссионерско-просветительского центра «Шестодневъ», клирик храма святых апостолов Петра и Павла в Ясенево (подворье Оптиной пустыни). Он написал несколько книг богословско-миссионерских тематики: «Летопись начала», «Кто, как Бог? или сколько длился день творения», «Антропология Адвентистов Седьмого дня и свидетелей Иеговы», «Прогулка протестанта по православному храму», «Если ты еще не крещен... Приглашаем к разговору того, кто сомневается; того, кто готовится ко крещению», «Брак с мусульманином». Отец Даниил был редактором и автором статей сборника «Шестодневъ против эволюции» и альманаха «Божественное Откровение и современная наука», автором статей «Как часто надо причащаться?», «Инструкция для бессмертных», «Зачем ходить в храм каждое воскресение?», а также целого других публикаций в периодических изданиях.

По воспоминаниям воспитанников семинарии лекции отца Даниила отличались особенной живостью и красочностью образов. Когда он цитировал текст Священного Писания, необыкновенное благоговение озаряло его лицо. Было видно, что батюшка жил, руководствуясь словами Библии. Его можно было слушать очень долго. Светлая память о замечательном батюшке никогда не покинет наших сердец.